Tienes que usar el SDK de Android, específicamente el comando fastboot, para flashear el system.img de stock y el recovery.img de stock. Sólo hay que flashear el boot.img si se ha flasheado un kernel personalizado, si no, no es necesario. Con la depuración USB activada en Ajustes - Opciones de Desarrollador, necesitarás arrancar en el bootloader. También necesitarás la imagen de fábrica para la versión actual de stock que estés ejecutando.
Tendrás que usar los comandos:
fastboot flash system system.img
fastboot flash recovery recovery.img
fastboot flash boot boot.img
El rooteo modifica /system, que las OTA's comprobarán y fallarán. Además, cualquier otro recovery excepto el stock recovery también fallará al flashear la OTA.
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¿Está desbloqueado el cargador de arranque?
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Actualizado, era 5.1.1.