Sin Root, ¿por qué puedo sacar un apk específico usando adb, pero no todo en /data/app. ¿Android 4+?

Es una cosa de "permiso y privacidad". Mientras que el .apk no tiene ninguna preocupación por la privacidad (y por lo tanto puede dar permiso de lectura a todo el mundo), los datos sí, y por lo tanto el directorio sólo es legible por el propietario, el grupo y Root (no por "otro", que es lo que se necesitaría -- "otro" sólo tiene permisos de eXecución).

ls -l / | grep data
drwxrwx--x   25 system   system  4096 Jan 28 17:51 data

Lo que significa: Especificando el archivo directamente, puedes sacarlo (ya que tiene los permisos de archivo necesarios, y el directorio te permite cd debido al bit de ejecución establecido). Especificar el directorio en su lugar falla, ya que esto requeriría cambiar ( cd ) en el directorio (que funciona) y construir una lista de archivos contenidos -- lo cual es imposible debido a la falta de permiso de lectura en la propia entrada del directorio.

La respuesta de Izzy es buena y bien explicada. Basándose en eso, si eres Root, puedes abrir Root explorer, navegar a /data/ y cambiar los permisos de la carpeta de aplicaciones.

Simplemente presiona largo tiempo la aplicación, toca Permissions y al lado de otro, marque la(s) casilla(s) apropiada(s).