¿Cómo instalar una ROM personalizada?

A menos que la ROM esté diseñada específicamente para permitir algún tipo de configuración por defecto (y no conozco ninguna que lo esté), sólo puedes hacerlo construyendo la ROM tú mismo desde el código fuente. Puedes editar los scripts de construcción para eliminar cualquier aplicación o característica que no necesites, y el código fuente para cambiar la configuración por defecto, y luego compilar una imagen de la ROM tú mismo.

No dices por qué estás flasheando una ROM cada pocas horas. Obviamente, si estás flasheando diferentes ROMs, cambiar la fuente cada vez va a ser más difícil que simplemente establecer la configuración en el dispositivo. Si es esencialmente la misma ROM que estás flasheando cada vez, entonces puedes mantener tus ajustes a través de los flashes simplemente no borrando la partición userdata cuando flasheas la nueva ROM. Ten en cuenta que si las ROMs son significativamente diferentes, esto puede hacer que la nueva ROM sea inestable, porque está tratando de utilizar los archivos de configuración que fueron escritos por la antigua ROM.