Cada lanzador tiene su propia apariencia por defecto que variará. A menos que le digas al lanzador de terceros que importe la configuración y los iconos del lanzador original, no tendrá ninguna personalización y tendrás que configurar las pantallas tú mismo.
El aspecto de cada lanzador varía mucho. Yo uso Nova Launcher en mi S4 porque desprecio el Launcher original de Samsung. Las transiciones de pantalla, el diseño por defecto y muchas otras opciones son personalizables con un lanzador de terceros que no se obtiene con el stock. Por lo tanto, la experiencia puede variar en gran medida dependiendo de los ajustes que cambie en el lanzador elegido. Nova tiene muchos ajustes que no me molesté en cambiar, pero los que sí cambié marcan una gran diferencia en la interfaz y la experiencia respecto al Samsung TouchWiz Launcher.
No deberías perder ningún beneficio de una ROM por usar un lanzador de terceros, pero puede que no necesites el lanzador de terceros dependiendo de la ROM.
Una característica de muchos lanzadores de terceros es la posibilidad de hacer copias de seguridad y restaurar las pantallas de inicio. Sólo por esta razón ya merecen la pena. Especialmente si te gusta flashear roms con frecuencia. Se puede ahorrar una cantidad significativa de tiempo y la agonía si usted no tiene que restablecer todas sus pantallas de inicio después de cada flash.