Para responder a su pregunta:
Al instalar el zip se borrarán (o cambiarán algunas aplicaciones) pero no todas. Cuando se flashea el zip se sobrescribe la partición del "sistema" en el teléfono y por lo tanto cambia las aplicaciones del sistema que están en el teléfono. Como las aplicaciones de Google son aplicaciones del sistema, pero no están incluidas en el zip de CM, es por eso que tienes que volver a flashear las gapps después porque se borran. Sin embargo, el zip no sobrescribe la partición de "datos" que es donde la mayoría de las aplicaciones de usuario son (aplicaciones que se instalan desde la tienda de juego y tal). Pero, flashear el zip sin borrar el sistema y la partición de "datos", y en consecuencia todas sus aplicaciones, se conoce como flasheo sucio y no se recomienda. Es especialmente no se recomienda cuando se hace un salto grande como el de CM11 a CM12. En cualquier caso, debería siempre Realiza una copia de seguridad de Android antes de flashear nada para estar seguro.
Ahora una solución:
Hay aplicaciones como Titanium backup que te permiten hacer una copia de seguridad de tus aplicaciones antes de borrarlas y flashearlas y luego restaurarlas una vez que hayas actualizado.
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¿Por qué no hacer una copia de seguridad de tus aplicaciones y luego flashearlas desde cero? No aconsejo flash sucio.
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Estoy de acuerdo con @Firelord. Como efecto secundario, tienes un sistema bastante limpio. Pero si eliges no a: a menos que limpie manualmente, ROM-flashing normalmente no (algunas imágenes lo incluyen, pero la mayoría no). Aún así, te aconsejo que al menos limpies la caché y la caché Dalvik/ART (se reconstruirá automáticamente). Aparte de eso, cada ROM suele venir con instrucciones, que deberías seguir :)