Sí, perderás tus actualizaciones, junto con cualquier otra aplicación instalada que no vino de stock. Pero podrás volver a actualizar las aplicaciones a través de Google Play, y no perderás ninguna compra que hayas realizado (quedan almacenadas para siempre en la nube de Google).
No estoy seguro/a de por qué te preocupa, sin embargo. Puedo entender que no quieras perder tus ajustes y datos, pero la única desventaja de perder las actualizaciones de las aplicaciones es el tiempo y ancho de banda requeridos para volver a actualizarlas después.
Editar: Probablemente estás preguntando sobre actualizaciones de sistema operativo. Tu teléfono no mantiene una imagen original del sistema operativo. Por lo tanto, una vez que actualices tu sistema operativo (ya sea mediante actualizaciones OTA o instalando un ROM personalizado), no podrás revertir a la versión anterior de Android. Hacer un restablecimiento de fábrica solo debería resetear el teléfono a una configuración limpia de la versión actual de Android.