Asumiendo que ha reiniciado el dispositivo y no se olvida de activar el MTP en cada conexión desde el menú desplegable de notificación que se requiere en los sistemas operativos Marshmallow y Android más recientes, es probable que sus bases de datos de Almacenamiento de Medios y Almacenamiento Externo estén desincronizadas y no se actualicen adecuadamente.
Tenga en cuenta que ninguna de las siguientes acciones elimina o modifica sus archivos, imágenes u otros datos, sólo se obliga a reconstruir las bases de datos que indexan esos archivos.
Desconecta el cable USB, aunque las entradas exactas del menú pueden variar según el fabricante, aquí hay algunas instrucciones generales sobre cómo reconstruir esas bases de datos... Ve a Configuración - Aplicaciones y toca el menú de 3 puntos y selecciona Mostrar Sistema. Luego desplázate y busca Almacenamiento externo y toca en él, luego selecciona Almacenamiento, y dentro de eso selecciona Borrar datos y Borrar caché, luego presiona dos veces para volver al menú principal de Aplicaciones y desplázate hacia abajo a Almacenamiento de medios y realiza la misma acción. Ve a casa y reinicia. NO CONECTE EL cable USB en este momento, una vez que el teléfono se reinicie y el inicio parezca completo, espere al menos 5-10 minutos (las bases de datos se están reconstruyendo en segundo plano, sin ver el logcat no hay forma de ver si están completas, a veces es un proceso rápido y a veces puede llevar más de 30 minutos dependiendo de su dispositivo y del número de archivos), luego conecte el cable USB y las carpetas y archivos deberían aparecer.
Si esto no funciona, es probable que su problema no esté relacionado con Android, sino que sea un problema de permisos o de configuración de la distribución de Linux con su usuario, y esa pregunta sería más adecuada para el Super Usuario, Ask Ubuntu, o los sitios de Unix y Linux.
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