Actualizaciones OTA de Nvidia Shield y reinicio

Probablemente no.

Las actualizaciones de Android antes de Lollipop comprobaban cada archivo del sistema y los reemplazaban, pero después de Lollipop, las actualizaciones comprueban todo el bloque del sistema como una parte y lo actualizan. Como el rooteo modifica los archivos del sistema, el bloque del sistema no coincidirá y la actualización se abortará. Como tienes un custom recovery, la actualización ni siquiera llegará a ese punto porque necesitas el Stock Recovery para instalarlo.

TL;DR: Intentar actualizar no brickeará tu dispositivo; pero, ¿por qué dejarlo al azar? En el caso de que instales el recovery de stock y procedas con la actualización y funcione, sí, perderías el Root. Puedes volver a rootear de la misma manera que lo hiciste antes.