Tiene que ver con dm-verity. Tomado de XDA Developers aquí:
El problema (es un problema si te gusta rootear y modificar dispositivos) proviene de algo que señalé hace mucho tiempo, cuando primero llegó a AOSP: la introducción de dm-verity en Android. Verity es una característica de seguridad, originalmente encontrada en ChromeOS, diseñada para proporcionar dispositivos informáticos seguros y confiables, evitando que software malicioso modifique un dispositivo. En Android 4.4, Google anunció verity para Android, y luego todo quedó en silencio. Aunque ha habido investigaciones sobre el uso de verity, en su mayor parte, las cosas han estado en silencio. Hasta ahora, eso es.
Con Android 6.0, Google ha comenzado a elevar su nivel en cuanto a la seguridad de los dispositivos. Uno de los requisitos fundamentales para esto es evitar que el software en un dispositivo sea modificado sin el conocimiento del usuario; mientras muchos aquí en XDA dan por sentado el acceso root, imagina que el dispositivo de un usuario sea rooteado sin su conocimiento o consentimiento, y que el acceso root se use para robar sus datos. Por esta razón, Google ha comenzado a implementar la verificación de la partición del sistema en algunos dispositivos.
Para responder tu pregunta de "¿Cómo sabe esto..."...cualquier cambio en la partición del sistema al arrancar (o al ser accedida) podría causar uno de tres mensajes de advertencia/error.