¿Funcionarán las aplicaciones de seguridad incluso después de flashear la nueva rom?

El Administrador de dispositivos Android probablemente seguirá funcionando, siempre que la nueva ROM contenga las GApps. Pero ya no te hará caso.

Si, como describes en tu pregunta, el "nuevo poseedor" es del ámbito técnico, e hizo un wipe completo además de instalar una nueva ROM, nada de tu instalación sobrevive. Simplemente no puede, con realmente todo almacenamiento borrado/sobreescrito.

Lo que ofrecen algunas de esas apps de seguridad es integrarse con la ROM (sólo en dispositivos rooteados, claro). Eso ayuda a sobrevivir a restablecimiento de fábrica , ya que eso no toca la ROM (o, más precisamente: /system (donde se instalan esas aplicaciones entonces). Pero con toda la ROM y el recovery reemplazados, además de todos los datos borrados, ¿dónde deberían "quedarse"?