No es un error, es sólo un conflicto entre Link2SD y el método nativo de Android, app2sd. Para evitarlo y habilitar el autoenlace de link2sd para todas las aplicaciones, en la configuración marque "Autoenlace" por supuesto y establezca la ubicación de instalación del método apps2sd como "Interna". Aquí está la pregunta de la FAQ de Link2SD :
Q. Aunque el "auto link" está activado, algunas aplicaciones no están vinculadas a la tarjeta SD automáticamente, en cambio, veo que se instalan en la tarjeta SD con el método nativo app2sd de Android. ¿Necesito enlazarlos manualmente?
A. A partir de Android 2.2, los desarrolladores de aplicaciones pueden expresar la lugar de instalación preferido para sus aplicaciones en el manifiesto de las aplicaciones. El atributo soporta tres valores: "internalOnly", "preferirExterno", y "auto". En el momento de la instalación, el sistema comprueba la valor de Android:installLocation e instala la aplicación .apk de acuerdo con la ubicación preferida, si es posible. Si la aplicación ha solicitado una instalación externa, el sistema lo instala en el SD tarjeta. Si el atributo es "auto", el sistema decidirá dónde instalar la aplicación basándose en varios factores.
Si se instala una aplicación en la tarjeta SD con el método nativo app2sd, no se puede vincular a la tarjeta SD con Link2SD. Necesitas enlazarlo manualmente.
Si decides usar Link2SD y "auto link" activado, establece la instalación por defecto ubicación a "interno" dentro de Link2SD para prevenir el conflicto Link2SD y nativo app2sd. En ese caso, las aplicaciones se instalarán en el sistema interno almacenamiento, incluso si la aplicación se declara como "preferibleExterna" o "auto" y Link2SD puede enlazar sus archivos.