Sabes de la misma manera que sabes que cualquier lector de tarjetas que el comerciante está usando no clona tu tarjeta o hace un mal uso de tus datos de pago: no lo sabes en absoluto.
Es posible que las aplicaciones detecten si el teléfono ha sido rooteado o no, por lo que se podría esperar que una aplicación de pago se negara a funcionar en un teléfono rooteado, como hacen algunas aplicaciones de transmisión de vídeo. Pero como consumidor, no es posible verificar la seguridad del lector de tarjetas del comerciante, ya sea un teléfono inteligente o un dispositivo de propósito especial.
La buena noticia es que no es tu responsabilidad hacerlo. Si el comerciante permite que los detalles de su tarjeta sean mal utilizados, ya sea deliberadamente o por negligencia, se meterá en problemas con su adquirente de comerciantes (es decir, su banco). Puede "disputar" cualquier transacción fraudulenta con su banco para conseguir que sea revocada.