Si ya tienes instalada una recuperación personalizada (ClockworkMod o TWRP), deberías poder flashear el archivo zip de recuperación de Superusuario, el cual eliminará cualquier otro archivo/binario relacionado con otras aplicaciones de superusuario en el proceso.
La aplicación SuperSU puede seguir instalada, pero puedes desinstalarla tú mismo como lo harías con cualquier otra aplicación.
Cita de la descripción de Superusuario en la tienda de Google Play:
Instalación manual con el archivo zip de recuperación:
Recomendado si tienes problemas de instalación o no estás rooteado http://download.clockworkmod.com/superuser/superuser.zip
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SuperSU tiene una opción para eliminar / cambiar a otra aplicación de Super Usuario. ¿Tiene SuperUser esta opción? Si no es así, tu mejor opción es eliminar ambos y flashear la última SuperSU de Chainfire directamente en tu recuperación, esto debería resolver el problema de los binarios. Ambos realmente tienen la misma funcionalidad, sin embargo, si SuperUser te está funcionando bien, tal vez valga la pena eliminar SuperSU en su lugar.
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Y no deberías ejecutar ambos al mismo tiempo, solo para dejarlo claro: Decide si usar SuperSU o SuperUser. Es como Highlander: Solo puede haber uno. Elimina el otro.
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@Izzy Desearía poder votar esa comentario un millón de veces.
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@dotVezz Podría convertirlo en una respuesta, para darte la oportunidad de otorgarle una recompensa #D
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@Izzy ¡brillante comentario ahí ^^^^ :D!
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Si tienes acceso root, simplemente elimínalo de /system/app o /system/priv-app