Aplicación que sobrevive a un restablecimiento de fábrica

Sus posibilidades para el #2 están bastante buena, aunque puede haber algunas advertencias. La figura que esos son, vamos a echar un vistazo de lo que un factory-reset . ...

• toallitas /data
• toallitas /cache
• limpia el dalvik caché (generalmente de forma implícita, como en la mayoría de los casos reside en /data; supongo que con Lollipop hará lo mismo para el ARTE).

Así que ya ves, /system se mantiene intacta. Con la aplicación instalada en /system/app, survice un factory-reset. Pero sus datos no podría, como /data es eliminado. Lo que significa que, todos los ajustes necesarios, la necesidad de ser parte de la propia aplicación, o de su "configuración predeterminada", que se despliegan en la primera initalization.

Para la segunda parte: Que mejor le preguntó en un sitio de desarrollo (que no tenemos). Básicamente, no a la aplicación consigue acceso root por defecto AFAIK. Tienen acceso a todo lo que sus permisos permite (y sí, hay permisos que se pueden conceder a las aplicaciones del sistema que no están disponibles para el usuario "user-space apps"), pero, por el acceso root, tienes que pedirle su, que debe dar lugar a la correspondiente app de superusuario.

PS: Como para el SuperSU emergente, usted tendrá que vivir con eso para la primera convocatoria, me temo.