Hay una manera de hacerlo sin Root.
Si tienes un dispositivo con Google Play Store, ve y descarga la aplicación Parallel Space. Si tienes un procesador arm/arm64, descarga también su extensión Parallel Space 64-bit support.
Después de descargar esta app, puedes manejar dos cuentas no sólo de Whatsapp, sino también de Facebook, Messenger, Instagram, Snapchat, etc. Esto no afectará a la primera aplicación instalada de ninguna manera. No necesitas hacer ningún cambio en absoluto. Sólo tienes que añadir el acceso directo de la aplicación Parallel desde Parallel Space en tu lanzador, y se lanzará el Whatsapp de la segunda cuenta.
Saludos.
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¿Tal vez usando Knox?
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Yo estoy usando parallel space en mi Oneplus 3 no rooteado y funciona perfectamente. Puede ser debido a que está utilizando la versión anterior de Android o un dispositivo más antiguo.
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WhatsApp ya te permite hacerlo oficialmente. Más detalles aquí ¡no se necesita root!