Por defecto, cuando se conecta el dispositivo se monta a través de mtp . Nuestro mtp tag-wiki da algunos detalles al respecto; básicamente, sólo se exponen partes del almacenamiento del dispositivo, normalmente sólo la(s) tarjeta(s) SD.
En términos sencillos, puedes pensar en esto como algo similar a tus "recursos compartidos de Windows", donde defines directorios para que estén disponibles en la red (siendo esta última una "red USB" que utiliza MTP): Android le "entregaría" la tarjeta SD como "punto de montaje" (en caso de múltiples tarjetas SD, como una interna y otra "física", eso haría dos elementos). Según el protocolo, todo lo que esté por debajo de eso debería mostrarse tal cual, como cuando se monta una unidad remota. No sé cómo se supone que Windows nombra los "puntos de entrada", pero no debería reordenar las cosas por debajo de ellos. Tu Computer\JohnDoe(GT-I9301)\Phone
refleja probablemente su tarjeta SD interna ( /storage/emulated/0
).