¿Cómo eliminar el inicio automático de ciertas aplicaciones?

Puedes probar esta aplicación que permite lo que pides: Gestor de ejecución automática Aunque creo que necesitas tener tu teléfono rooteado para esto.
En cuanto a la parte en la que dices que quieres que la aplicación permanezca cerrada, eso puede ser complicado, porque depende de la implementación de las aplicaciones. Si el desarrollador está comprobando constantemente si el servicio está activado o desactivado, y trata de iniciarlo cuando está desactivado, te aconsejo que no te metas con eso, porque al tratar de detener el servicio, entonces terminarás consumiendo más batería (tratas de detenerlo, y la aplicación se inicia de nuevo, y luego lo vuelves a detener, y terminas en un ciclo drenando tu batería). A partir de Gingerbread, es mejor dejar que Android gestione el estado de tu aplicación, ya que ha mejorado mucho la gestión de la memoria y de la aplicación.