¿Cómo detener todas las aplicaciones menos una, incluyendo sus servicios?

La matanza de tareas nunca es una solución cuando se trata de "preservar la batería". Como has descubierto, la mayoría de las cosas se reinician automáticamente. Lo que podría ayudar, sin embargo, es desactivar (temporalmente) todos los servicios que no necesites -- después de todo, es sólo para esa ejecución, y (como ya señalaste) puedes renunciar a algunos de ellos:

• ¿Necesita una conexión de datos para RunKeeper ? Si no es así: desactívalo, eso es lo que más ahorraría. Si es realmente necesario: desactiva la sincronización de la cuenta, y haz lo mismo con todas las aplicaciones que se sincronizan periódicamente (por ejemplo, el lector de RSS y similares).
• Mientras se ejecuta, no se recogen las llamadas telefónicas de todos modos - apagar la radio (si no se necesitan datos: simplemente cambiar al modo de avión. Mientras estés en modo avión, todavía puedes activar algunos servicios por separado, como por ejemplo el Bluetooth y el GPS). De nuevo un gran ahorro
• Las cosas menores incluyen el Bluetooth. No creo que quieras escuchar música a través de un auricular BT mientras corres, así que apágalo. Si realmente necesitas audio, utiliza unos auriculares con cable.
• Pantalla: baja el brillo al máximo. Si se enciende poco, puede que no tenga mucho efecto, pero contribuye.
• Algunas aplicaciones que no necesitarás "sobre la marcha" pueden ofrecerte salir de ellas por completo. Hazlo.

Todo esto debería ahorrar mucho jugo - y debería conservar suficiente energía para 5h runkeeper con GPS, diría yo. ¡Buena suerte, y que tengas un doble maratón exitoso (uno para ti corriendo, y otro para el ahorro de energía ;)!