Las actualizaciones over-the-air (OTA) de su operador o fabricante no pueden aplicarse directamente en un dispositivo que tenga instalada una ROM personalizada. Esto se debe a muchas posibles incompatibilidades entre el firmware de stock y cualquier código base que la ROM personalizada esté utilizando. Por lo tanto, la mayoría (si no todas) de las ROMs personalizadas deshabilitan intencionadamente cualquier comprobación OTA que suele venir de serie con los firmwares de stock.
Dicho esto, algunas ROMs personalizadas (por ejemplo, CyanogenMod ROM) han desarrollado sus propios servicios OTA. Suelen ser pull (es decir, el teléfono comprueba periódicamente si hay una actualización disponible) en lugar de push (el fabricante envía un mensaje al teléfono para que salga y descargue una actualización), pero en general funcionan bastante bien. Deberías ponerte en contacto con los desarrolladores de tu ROM para ver si esa función está disponible para ti.
Como alternativa, puedes intentar devolver el teléfono a su firmware de serie y entonces podrás aceptar la actualización OTA operador/fabricante.