Lo siento amigo, creo que tus aplicaciones se han ido al garete. Apps2SD no necesariamente mueve las aplicaciones a la tarjeta SD de manera que si se conecta la tarjeta sd en cualquier teléfono funcionaría automáticamente, su teléfono todavía tiene los datos de lo que las aplicaciones están instaladas.
Si estoy en lo cierto al suponer que ahora estás usando una nueva ROM, tu teléfono básicamente se reseteó. La mejor analogía que se me ocurre es cuando se formatea un PC. Cuando se instala el sistema operativo, todos los archivos en la unidad están todavía allí, pero las aplicaciones del sistema y los archivos son todos nuevos.
¿Qué puede hacer en el futuro? He oído hablar bien de Titanium Backup, pero personalmente prefiero Appmonster. Básicamente guarda el archivo APK de una aplicación instalada para que puedas desinstalar/instalar a tu antojo. Ten en cuenta que nunca he usado Titanium Backup, pero por lo que he oído puedes restaurar muchas cosas desde esa aplicación: aplicaciones, SMS, contactos. Aunque no estoy seguro de si también guarda el estado de las aplicaciones y las restaura en tu teléfono.
Así que supongo que tienes que descargar todos tus archivos de nuevo.
Actualización: He ido a la Play Store y he mirado la aplicación Apps2SD y sí, funciona como he indicado arriba. He mirado también Titanium Backup y dice que puede hacer una copia de seguridad de tus aplicaciones y datos. Sin embargo, aquí es donde duele: se necesita acceso Root para usarlo. Básicamente, la forma ideal habría sido a root de su teléfono en primer lugar, utilizar Titanium Backup, a continuación, instalar la nueva rom.