Depende un poco de la recuperación que uses. Pero si tu dispositivo tiene suficiente RAM, podrías intentar instalar la actualización a través de adb sideload.
Si encriptas "tu teléfono", en realidad solo se encripta la partición de datos. Puedes usar Titanium Backup para hacer copias de seguridad, pero tendrás mala suerte con respecto a la partición de datos (y posiblemente la tarjeta sd interna, ver abajo). Si usas TWRP, ofrece la opción de desbloquear tu /datos encriptados al entrar en recuperación, lo que permite hacer una copia de seguridad completa. Además, usar un dispositivo USB-OTG te permite actualizar directamente desde allí.
Dependiendo de tu dispositivo, también se encriptará la sd interna (y/o externa - pero parece que no tienes una). En este caso, tu recuperación no podrá almacenar la copia de seguridad en ningún lugar, pero si encriptas tu teléfono, ciertamente no querrás almacenar tu copia de seguridad sin encriptar en algún lugar del teléfono. Por lo tanto, si tu dispositivo es compatible con USB-OTG, podrías simplemente conectar una memoria USB no encriptada para este propósito, esta sería mi recomendación.
Además de eso, siempre puedes hacer copias de seguridad "en crudo" directamente a través de ADB haciendo copias de seguridad de particiones desmontadas o incluso dispositivos de bloque completos. En este caso, deberías estar familiarizado con la distribución de particiones de tu dispositivo, o simplemente hacer una copia de seguridad del flash completo (lo que podría llevar un tiempo). Típicamente lograrías esto (solo un ejemplo, ¡podrías tener que usar un nombre de dispositivo diferente!):
adb pull /dev/block/mmcblk0
Y para restaurar la copia de seguridad:
adb push tu-archivodecopia-de-mmcblk0 /dev/block/mmcblk0
Pero por supuesto también puedes hacer esto solo para particiones individuales, por ejemplo /system:
adb pull /dev/block/sd.loque-sea/por-nombre/Sistema
Consulta el archivo fstab.VENDOR de tu dispositivo (normalmente se encuentra en tu directorio root), deberías poder encontrar los nombres de dispositivos adecuados allí.
