La razón es que, al menos con los dispositivos Samsung y las tarjetas de más de 32 GB, Samsung o Android formatean la tarjeta con el sistema de archivos exFAT, pero identifican incorrectamente el tipo de partición como "FAT32 (LBA)", o el tipo de partición "c" o "0c" en la tabla de particiones de la tarjeta.
Si formateas la tarjeta con exFAT usando Windows o la aplicación de particionado de Android Aparted, declarará correctamente el tipo de partición como 7 o "07" para "exFAT" (HPFS/NTFS/exFAT) en la tabla de particiones de la microSD.
He luchado con este mismo problema, y acabo de confirmar la información anterior formando una tarjeta microSD de 200GB completamente en blanco y sin particionar en un Samsung Galaxy Note 3 con Android 4.4.2, y en Windows, y usando Aparted en Android.
Si estás intentando recuperar datos de una tarjeta que fue formateada con exFAT, pero cuya partición está identificada incorrectamente como "FAT32 (LBA)" o "c" o "0c" en la tabla de particiones, creo que tendrás que forzar la aplicación de recuperación (por ejemplo, Testdisk) para que la identifique como HPFS/NTFS/exFAT o "07".