Sí, puedes hacer Root tantas veces como quieras sin perder datos si tu dispositivo está desbloqueado. Yo lo he hecho en mi OnePlus One.
Para una mayor aclaración, es el mecanismo por defecto en el dispositivo establecido por el OEM, que cada vez que el estado por defecto del cargador de arranque (bloqueado) es manipulado se emitiría un borrado de datos (un restablecimiento de fábrica), muy probablemente para proteger los datos del usuario de un posible compromiso.
Por otro lado, el rooting consiste en mover un binario ( su
) bajo sistema (normalmente en /system/xbin
y colocando enlaces simbólicos en lugares como /system/bin
) que con los permisos de archivos adecuados puede ser ejecutado por un usuario ordinario para obtener derechos supremos en el sistema.
Es posible que el método de rooteo que intentes en tu dispositivo no sea el estándar (vía Recovery), sino que necesite una herramienta de un solo clic, y algunos usuarios han informado de la pérdida de datos con esta última, por lo que puedes hacer una copia de seguridad para estar seguro.
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