Eso es parte de la SuperUser la configuración de la aplicación. Lo he comprobado en mi Milestone² con Gingerbread:
- Abra su SuperUser aplicación en el dispositivo Android
- Pulsa el símbolo de la "llave inglesa" en la parte superior derecha de la pantalla para ir a su configuración
- Desplácese hasta la sección "Notificaciones".
- Desmarque la opción "Notificaciones".
En ICS y superiores, el símbolo de la llave inglesa puede dejar de serlo. Al menos el de Chainfire SuperUser tiene una interfaz gráfica de usuario Holo allí. Si ese es tu caso, debería haber una pestaña de "Configuración" visible en su lugar, así que úsala.
Editar: Aquí hay una captura de pantalla que he encontrado en AddictiveTipps :
Captura de pantalla (haga clic para ampliar)
Fíjate en el último elemento que aparece, ahí es donde puedes activarlo en ICS y superiores.