Como @eldarerathis dicho, hay baterías secundarias o Reloj de tiempo real (RTC) integrados en los SoCs (Sistema en Chip) de cada dispositivo. El proveedor del SoC, como Qualcomm, MediaTek, etc., los incorpora en los circuitos. Los dispositivos más nuevos utilizan arreglos de semiconductores como el CMOS (Complimentary Metal Oxide Semiconductor) en los ordenadores, que hacen lo mismo. Esta característica está presente incluso en muchos dispositivos de calidad inferior que no son Android y que ejecutan sistemas operativos propietarios.
Si se profundiza en el sistema operativo específico, (en este caso, Android) se puede encontrar una opción para desactivarlo. Esto hace que el teléfono elimine por completo cualquier transferencia de energía en su interior en algunos casos. Sin embargo, no se puede garantizar que esté presente en todos los dispositivos. Sólo se utiliza para almacenar energía para controlar el tiempo o evitar que algún circuito específico se quede sin funcionar.
En algunos casos, el registro de tiempo puede perderse si el dispositivo no se utiliza durante largos períodos de tiempo. En estos casos, no habrá corriente que fluya dentro del circuito, porque toda ella se habrá agotado por completo.
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Me temo que esto no es "específico de Android", pero supongo que esto es similar : hay una batería interna más pequeña que alimenta el chip. También relacionado (pero en el lugar equivocado): stackoverflow.com/questions/26360648/