Sólo como una adición: Me tropecé con lo mismo (más otro problema) mientras actualizaba mi nexus 5 de Lollipop a Marshmallow. Cada vez que el teléfono estaba en modo de reposo (por ejemplo: mientras conducía mi coche y el teléfono descansaba en el bolsillo) y entraba en un wifi conocido no se conectaba automáticamente.
Normalmente, cuando llegaba al trabajo, en cuanto salía del aparcamiento recibía una notificación de correos o mensajes entrantes, pero ya no en Android 6. En cuanto desbloqueaba el teléfono, el wifi se conectaba automáticamente y todo iba bien. Pero siempre me olvido de hacer esto y a veces pasaban horas hasta que me daba cuenta de que no había hecho este paso y los mensajes no me llegaban porque no estaba conectado al wifi hasta que cogía el teléfono del bolsillo y lo desbloqueaba una vez.
Busqué entre todas las configuraciones y políticas, y finalmente encontré algo que funcionó:
En Ajustes -> Energía -> ... -> Optimización de energía puedes cambiar la lista de "aplicaciones no optimizadas" a "todas las aplicaciones". A continuación, busque "Servicios de conectividad de Google" y desactive la optimización de energía para esta aplicación del sistema.
Después de haberlo hecho finalmente se autoconecta a wifis conocidas mientras mi teléfono está en el bolsillo.
ACTUALIZACIÓN Solo quería dejar una nota, que hubo una pequeña actualización hace un par de días/semanas que me devolvió el problema de no autoconexión, la optimización de energía ya no me funcionó. Todavía tengo este problema, voy a hacer una instalación limpia de Android 6 en las próximas semanas y ver si el problema sigue existiendo. Si es así, seguiré con Android 5.x
ACTUALIZACIÓN2 Hace un tiempo hubo otra actualización que casi "arregló" este problema.
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¿Tienes instalada alguna aplicación de ahorro de batería de terceros? Suelen desactivar todas las conexiones cuando el teléfono está en reposo profundo, y sólo lo refrescan durante un minuto cada hora o 45 minutos, dependiendo de la configuración predeterminada.
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No tengo una aplicación para ahorrar batería.