Desde entonces he descubierto mi propia respuesta. Puedo reproducirlo con el siguiente proceso:
1) Ajustes > Seguridad > Bloqueo de pantalla > poner el patrón actual > Seleccionar patrón > Observe que "Requerir patrón para iniciar el dispositivo" está marcado
2) No hagas ningún cambio y vuelve a salir a Ajustes (o pulsa Inicio y vuelve a abrir Ajustes)
3) Ir a Accesibilidad
4) Activar cualquier servicio de accesibilidad (yo activé Pushbullet pero no parece importar el servicio que hagas)
5) Siga el paso 1 hasta que vea que "Requerir patrón para iniciar el dispositivo" está desmarcado.
En la Preview 2 de Android M, al activar Push Bullet se me indicaba "Si activas Pushbullet, tu dispositivo no utilizará tu bloqueo de pantalla para mejorar el cifrado de datos" y al pulsar ok me llevaba a una pantalla en la que debía introducir mi patrón actual. El texto decía "Como activar Pushbullet afecta a la encriptación de datos, debes confirmar tu patrón". No recuerdo esta pantalla en la 5.0 o 5.0.1 pero creo que esto es lo que lo causaba.
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Para tu información, hay un informe de error sobre este problema aquí .
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Aunque este post es antiguo, esto me ocurrió en la 6.0.1. La opción de volver a habilitar una contraseña en el arranque está ahora dentro del menú de cambio de contraseña en la configuración. ¡Gracias por el aviso de buscar en esta área como yo era un poco molesto que mi teléfono encriptado fue descifrar a sí mismo después de usar un servicio de accesibilidad, una vez!