¿Debería eliminar las aplicaciones movidas a la tarjeta SD con la nueva ROM?

Sí, tienes que desinstalar o mover la aplicación al almacenamiento interno

Cuando una app se mueve a la SD ( en versiones anteriores a Marshmallow o portátil almacenamiento de Marshmallow ) no mueve la app completa a la tarjeta SD. Una parte de la aplicación permanece en el almacenamiento interno - es por eso que cuando se actualiza a una versión posterior de la aplicación de nuevo se revierte al almacenamiento interno y hay que moverlo a la SD externa

Al instalar una nueva ROM o restablecimiento de fábrica sólo se sobrescribe esa porción de lo que está en su almacenamiento interno. La parte de la aplicación en la SD externa ocupa espacio, aunque no se puede utilizar. Por lo tanto, para recuperar ese espacio, tendría que desinstalar la aplicación primero o mover la aplicación completamente al almacenamiento interno

Si está utilizando el adoptable-storage entonces usted está tratando la SD externa como almacenamiento interno de todos modos, por lo que no necesita molestarse en hacer esto

Ver Apéndices 2 y 3 de este reddit para una lectura adicional