Quieres controlar cualquier aplicación que utilice datos en segundo plano. Es difícil decir cuáles son porque hay muchas y no tengo ni idea de lo que tienes instalado. Te recomiendo que instales dos aplicaciones que te ayuden a monitorizar y controlar tus datos para no pasarte:
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Uso del teléfono - Esta aplicación te permite controlar la cantidad de datos que utilizas y establecer límites diarios, semanales y mensuales (también lo hace para voz y texto) y te notificará cuando superes los límites. Hay muchas otras como ésta, algunas te avisan cuando te acercas, otras ponen un widget en tu pantalla de inicio para mostrar tu uso de datos. Pruebo un par de ellas para ver cuáles funcionan mejor con tu teléfono.
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Ajustes rápidos - Esta aplicación te permitirá controlar manualmente tus datos. Con ella puedes desactivar/activar la sincronización automática. También puede alternar el APN para que se apaga todos los datos 3G sin afectar el teléfono o wifi, por lo que todavía puede obtener actualizaciones automáticas cuando está conectado a wifi, pero sólo utilizar los datos 3g cuando usted decide.
Por último, si realmente quieres tomar el control de las cosas puedes conseguir Tasker y establecer diferentes reglas acerca de cuándo se utiliza el wifi y cuándo se utiliza el 3g y qué aplicaciones se pueden sincronizar...