Sin una lista del contenido de tu almacenamiento interno, es difícil discernir los archivos inútiles de los útiles. Sin más información, las únicas respuestas que puedo darte son las siguientes:
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Cuando se desinstala una aplicación, el sistema elimina los árboles correspondientes al nombre del paquete de la aplicación en /datos/app/ (ejecutable de la aplicación) y /datos/datos/ (datos internos de la aplicación). También debería borrar algunas carpetas en sus almacenes internos y externos, concretamente las correspondientes al nombre del paquete de la aplicación, y colocadas bajo Android/datos/ . Cualquier otra carpeta creada por la aplicación en una ruta diferente a la mencionada se ignora.
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Puede depender. Generalmente, los que ralentizan mucho tu dispositivo son los archivos de gran tamaño. Como, como ya se ha dicho, no son limpiados por el sistema, es una carga que recae sobre ti, el usuario.
Como nota a pie de página, los archivos que residen en un almacenamiento interno no son fundamentales (y remarco que estoy hablando de archivos no carpetas ). Generalmente, pueden ser archivos que son colocados allí por una aplicación con el propósito de marcar, lo que significa que dicha aplicación busca si dicho archivo está presente, y realiza algo. Si no, hace otra cosa.
Por último, si eliminas alguno de estos archivos, pueden volver a generarse, si la aplicación que los creó sigue instalada.