Si rooteas tu teléfono, sólo tendrán acceso Root las aplicaciones a las que concedas acceso Root explícitamente. Esto hace que las cosas bastante seguro, ya que ese paso extra debe ser suficiente para que te pares a pensar "¿Por qué esta aplicación necesita Root?".
Si sólo concedes acceso Root a las aplicaciones que necesitan Root por una buena razón son de desarrolladores de confianza y que usted adquirido a una fuente de confianza entonces debe estar bien.
Sin embargo, hay que tener en cuenta lo que pueden hacer las aplicaciones con acceso Root: desde un respuesta anterior sobre el tema:
En un teléfono rooteado, una aplicación a la que se ha concedido acceso Root puede hacer prácticamente todo lo que es posible en el hardware. Las aplicaciones con permisos Root pueden escribir en medios de almacenamiento de sólo lectura (incluida la modificación del cargador de arranque), modificar los datos privados de otros programas, modificar la configuración del sistema, modificar los archivos del sistema, etc. Una aplicación rooteada también puede ocultarse del sistema y fingir que ha sido desinstalada mientras está perfectamente bien y viva.
Te dejo que imagines cuáles son las implicaciones de seguridad en el peor de los casos para una aplicación nefasta a la que se le conceda acceso Root en tu teléfono; ten cuidado ahí fuera.
