Puedes usar la aplicación: [Root] FlashFire que se puede descargar en PlayStore.
A continuación, descargue el último paquete de imágenes de fábrica para el Nexus 5 desde aquí
Una vez descargado y guardado el archivo en su teléfono, abra la aplicación FlashFire. La aplicación concederá el acceso Root y si encuentra el archivo de actualización [OTA], elija "eliminar".
A continuación, haz clic en el icono "plus" > elige "Flash firmware package" > busca la ubicación en la que guardaste la imagen de fábrica descargada.
A continuación, la aplicación escaneará el archivo de firmware y después podrá seleccionar algunas opciones.
*Si quieres mantener TWRP como recovery, simplemente desmarca "Recovery".
*Tenga cuidado, si quiere mantener sus datos en el teléfono, asegúrese de que "Datos" no esté marcado.
Por último, haz clic en "FLASH" y tu teléfono se reiniciará e instalará la actualización.
*Nota: He probado esto para mi Nexus 5 y es exitoso. Espero que funcione para usted también :)