Esto se debe a que tu teléfono tiene varias particiones, y algunas de ellas no son accesibles para el usuario, pero son necesarias para el correcto funcionamiento del dispositivo. Este almacenamiento está "particionado" de tu almacenamiento físico. Estas particiones son las siguientes:
1) bootloader o sus variantes: Unos pocos MB. Responsable de arrancar tu dispositivo. Normalmente no se puede jugar con él, incluso con Root en el dispositivo, pero incluso si se puede, no deberías .
2) /boot : Contiene el núcleo del sistema operativo, el kernel de Linux. Alrededor de 10-25 MB, varía según el dispositivo.
3) /recovery : El nombre se explica por sí mismo. Aproximadamente 10-25 MB. Se encarga de las actualizaciones OTA, los restablecimientos de fábrica y de guardar el dispositivo cuando entra en un bucle de arranque. La mayoría de los usuarios rooteados suelen flashear un recovery personalizado como CWM o TWRP antes de seguir adelante con la personalización.
4) /system : Aproximadamente 1-1,5 GB, varía según el dispositivo. Almacena datos del sistema y aplicaciones. Sólo lectura para usuarios normales, escritura para usuarios Root. La mayoría de los usuarios Root se meten con esta partición regularmente.
5) /data : Alrededor de 1 GB, dependiendo del dispositivo. En los dispositivos con almacenamiento unificado, esta partición contiene la tarjeta SD interna también como un dispositivo emulado. Ni siquiera es de sólo lectura para los usuarios normales, pero se puede escribir y leer con Root. Contiene las aplicaciones instaladas por el usuario, sus datos y los datos específicos del usuario.
6) /cache : Caché de aplicaciones y datos. De 16 a 256 MB. Un tipo de almacenamiento temporal proporcionado a las aplicaciones.
Nota: El restablecimiento de los datos de fábrica borra /data y /cache sólo.
7) radio o sus variantes: Unos pocos MB. De nuevo, responsable de gestionar la telefonía. No te metas con esto.
8) /storage/sdcard0 : En dispositivos de almacenamiento no unificados, es el almacenamiento disponible para el usuario como una partición separada. En dispositivos de almacenamiento unificado, esto sigue ahí, pero es una carpeta bajo /data en realidad, con permisos de escritura para usuarios normales, a diferencia del resto de /data .
Para más información, una búsqueda en Google le ayudará. O puede consultar este fuera.
Además, los nombres de las particiones son los que obtuve de fastboot al flashear mi HTC Nexus 9 (16GB,WiFi, flounder/volantis) al actualizar Android mediante imágenes de fábrica.
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