Tamaño del archivo en distintos dispositivos

Sí. Si los archivos son idénticos, por definición, también deberían ser idénticos en tamaño, independientemente de la plataforma (a menos que el archivo sea un archivo disperso, y/o el mecanismo por el cual el controlador FS de la plataforma informa de los tamaños de los archivos sea defectuoso).

Pero para aplicaciones idénticas, sin embargo:

No necesariamente. El tamaño del archivo difiere sobre todo en función del código ejecutable compilado de forma nativa (chipsets ARM frente a x86, etc.), los recursos gráficos suministrados según la capacidad gráfica del dispositivo (OpenGL ES 2.0 frente a 3.0), etc.

En tu caso, sería mejor calcular y comparar las sumas de comprobación de los archivos, en lugar del tamaño, ya que dependen del contenido del archivo, que no debería variar de una plataforma a otra, salvo lo indicado anteriormente.