En primer lugar, si no estás 100% seguro de qué aplicaciones del sistema puedes desinstalar, es mejor que las congeles primero (lo que es compatible, por ejemplo, con Copia de seguridad en titanio y otras aplicaciones). Así que si algo empieza a comportarse de forma extraña, puedes simplemente descongelar esas aplicaciones de nuevo.
Como probablemente no acabas de congelar las resp. apps, pasemos a la segunda opción: ¿Esperas haber hecho una copia de seguridad de Nandroid antes de empezar a manipular el sistema? En ese caso, puedes restaurar esta copia de seguridad a través de ClockworkMod. O si al menos hiciste una copia de seguridad de las aplicaciones que desinstalaste (por ejemplo, con la mencionada Copia de seguridad en titanio ), puede utilizarlo para restaurarlos de nuevo.
Si esto tampoco es una opción, lo único que queda es buscar una imagen de firmware fresca para flashear - ya sea stock o ROM personalizada.