Sí, puedes utilizar un mando de juegos USB sin Root y sin necesidad de ninguna configuración previa. Sólo tienes que conectarlo y Android lo reconocerá. Por defecto, el D-pad del mando funcionará como un D-pad o trackball en el propio dispositivo (si recuerdas cuando los teléfonos Android solían tener pequeños trackballs incorporados), y te permitirá mover el foco entre los controles en la mayoría de las aplicaciones.
Las aplicaciones de stock son completamente accesibles usando el mando sin la pantalla táctil, pero no todas las aplicaciones de terceros lo son. Muchos juegos (especialmente los emuladores de consolas) admiten el uso de un mando de juegos Bluetooth o USB, pero no todos los juegos lo hacen. La idea de aplicaciones como la que mencionas es hacer que las pulsaciones de los botones del mando del juego activen los eventos de la pantalla táctil, de modo que si juegas a un juego que tiene controles en pantalla pero no admite mandos, el mando activará los controles en pantalla del juego. En general, obtendrás una mejor experiencia de juego, así como una fácil configuración, si eliges un juego que admita mandos.
Si simplemente conectas el mando, funcionará de inmediato en cualquier aplicación y juego compatible. Los juegos compatibles con el mando suelen anunciarlo en la descripción de la tienda, pero si no estás seguro puedes preguntar al desarrollador a través de su dirección de correo electrónico de soporte.