En general, no puedes hacerlo. La razón por la que los enlaces se abren en un navegador es que utilizan los mismos protocolos que los enlaces web normales. Así que si la aplicación en particular no es un navegador, los enlaces tienen que abrirse con una aplicación de navegador.
Pero es posible que hayas visto algunos enlaces (especialmente enlaces a aplicaciones de Android en el mercado) que se pueden abrir con la aplicación de Mercado de Android/Google Play Store. Esto es posible porque esos enlaces utilizan market://
en sus enlaces en lugar del típico http://
Si necesitas confirmarlo, intenta borrar las configuraciones predeterminadas de tu navegador Chrome. Te pedirá que elijas una aplicación para abrir un enlace cuando hagas clic en ellos. Esto te dará una opción de abrir enlace con (por supuesto, para usar las aplicaciones de navegador)
Para hacer esto, ve a Configuración -> Aplicaciones
y selecciona la aplicación de Chrome. Desplázate hasta abajo y busca un botón para borrar las configuraciones predeterminadas y haz clic en él.