Creo que este problema tiene que ver con instalar un ROM sobre otro sin hacer un borrado completo. Mi ROM en particular es Apex 9.3. Según el hilo del foro de XDA asociado, los problemas de congelación con este ROM se han solucionado con "un borrado completo que incluye formatear la tarjeta sd, el sistema, la caché y los datos al flashear 9.0".
Lo he hecho, borrando los datos y la caché en modo de recuperación, reinstalando el ROM, y ha pasado una semana sin un bloqueo severo (severo significa que tengo que reiniciar el teléfono para salir de él). He tenido una congelación ocasional de unos 5 segundos, pero eso es todo.
Actualización: Aún tuve problemas con las congelaciones. Resultó ser el ROM. Cambié a un nuevo ROM y no he tenido congelaciones desde entonces.