Si los archivos se duplican, ¿por qué preguntas por el desmontaje seguro? Los problemas causados por el no desmontaje seguro son la corrupción del sistema de archivos, la pérdida de datos, etc. Los archivos no se duplican por ello.
No he oído hablar de este tipo de problema antes. Es posible que una aplicación o un shell script esté duplicando archivos en el momento del arranque. Para localizar el problema, apaga el dispositivo, saca la tarjeta sdcard y comprueba con el PC si los archivos se duplican o no. Si los archivos se duplican, significa que algo está haciendo esto en el momento del apagado. Haga esto: Apaga el dispositivo sacando la batería y luego arranca. Dime el resultado.