Dado que un proceso de copia de seguridad/restauración (parcialmente) automatizado parece una opción bienvenida, podría indicarle Copia de seguridad en titanio . Al menos en su versión de pago (la compré hace tiempo, así que no recuerdo las diferencias con la versión gratuita), te ofrece copias de seguridad automatizadas/programadas, así como restauraciones. Puedes definir "etiquetas" (agrupando efectivamente las aplicaciones) y operar en base a ellas, por ejemplo, sólo respaldando/restaurando aplicaciones con una determinada etiqueta. TiBu te permite diferenciar lo que quieres respaldar/restaurar también en términos de "aplicación, datos o ambos", así que tienes un montón de posibilidades.
Esta aplicación también tiene la posibilidad de guardar una copia de su configuración en su SDCard. Al iniciarse por primera vez (por ejemplo, en una ROM nueva), buscará esa copia y la utilizará, por lo que su configuración sobrevivirá incluso a un borrado.
Todavía es necesario tener cuidado con los "datos del sistema", ya que las estructuras (por ejemplo, en las bases de datos SQLite) pueden haber cambiado. Pero TiBu puede incluso ocuparse de eso si activas su "modo de migración".
Resumiendo, aunque no es una buena solución de un solo clic, puede facilitar tus actualizaciones. Incluso a través de diferentes ROMs o incluso dispositivos (lo usé mucho para cosas como esa, y obtuve mis aplicaciones y datos de mi viejo HTC Wildfire a través de Motorola Milestone² a mi LG Optimus 4X de esa manera).