Touchwiz no es sólo el launcher, es todo un framework que han incorporado a Android. Controla las notificaciones, los ajustes, todo el sistema operativo es básicamente Touchwiz.
Samsung no proporciona el lanzador de stock con el dispositivo (como lo hacían los antiguos dispositivos de HTC) por lo que si lo quitas simplemente no tendrás lanzador, ni forma de abrir aplicaciones, etc. Usted podría instalar Apex, Nova, Google Now o cualquier lanzador antes de hacer esto, y congelar el lanzador en lugar de eliminar por completo para asegurarse de que no hay ningún resultado inesperado (s). Por lo general, o bien por defecto a cualquier lanzador está instalado, o que le dará la pantalla 'Elija su lanzador' donde se puede aceptar lo que quieras y haga clic en "Una vez" o "Siempre" como lo hace con otras aplicaciones.
Como Touchwiz es el framework, tendrías que eliminar toda la ROM del dispositivo e instalar una ROM que no sea Touchwiz como AOSP, CyaongenMod, Google Play Edition (si tu dispositivo tiene una), etc.
Nota: cualquier cambio de frameworks en Android puede brickear completamente su dispositivo, así que proceda con precaución y haga nandroid ¡copias de seguridad! Nunca se puede tener también ¡muchas copias de seguridad!
Nota 2: usted podría eliminar todo Touchwiz y reconstruir la ROM, pero eso estaría fuera de las competencias de este sitio. Probablemente sería reinventar la rueda de todos modos y hay un montón de ROMs AOSP sobre.