Creo que deberías buscar en los desarrolladores de xda en el foro para tu dispositivo específico, pero no creo que puedas hacer Root sin marcar knox y romper la garantía. Tengo un S4 con knox también y no pude encontrar una manera de hacer Root sin marcar el contador de knox.
http://autoroot.chainfire.eu/#odin << Aquí puedes encontrar el auto-arranque de tu dispositivo y marcarás knox. Descárgalo y sigue los pasos que puedes encontrar fácilmente en los desarrolladores de xda sobre cómo usar odin.
Aquí está una solución de trabajo para Lollipop rooteado en S5 de AT & T, que he encontrado en XDA, y resumido: Android.stackexchange.com/a/170154/122842
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