¿Una rom flasheada puede dejar artefactos?

No, no puede.

Mientras no flashees ningún archivo de firmware nuevo (como tenemos que hacer con el HTC One M8 para ponerlo en lollipop) deberías estar bien con una copia de seguridad de nandroid.

Resumiendo, si solo flasheas a través del recovery y no a través de fastboot etc deberías estar bien.

No estoy de acuerdo con los otros carteles y diría: "en teoría sí". La eMMC de los teléfonos actuales está dividida en un montón de particiones. Por ejemplo, el Nexus 4 tiene alrededor de 25 particiones. Cuando instalas una ROM, lo normal es que sólo toque sistema, recovery, userdata, sd interna (si está en partición separada), caché y boot. Pero como la ROM tiene acceso Root completo, podría escribir en cualquier partición y, por ejemplo, incluso manipular la pila de tu módem.

En la práctica, no he oído hablar de ninguna ROM que lo intente. Y yo si una ROM contiene código malicioso, sólo residirá en el sistema, el arranque o la recuperación.

Mi consejo para estar seguro: antes de flashear, vuelca todas las particiones y calcula sus sumas de comprobación para que puedas ver cuáles fueron modificadas por la ROM.