¿La mejor manera de hacer una copia de seguridad COMPLETA? [Rooted Nexus 4 con ROM de stock]

Me temo que no hay realmente una "solución única". Como ya has notado, todos los tipos de copias de seguridad tienen objetivos diferentes, todos ellos tienen sus pros y sus contras (ver también nuestro copia de seguridad de la etiqueta-wiki para una visión general):

• Mientras que una copia de seguridad de Nandroid cubre todo el sistema a nivel de partición, no es lo más fácil cuando se quiere restaurar sólo partes. Por sí solo, es un todo o nada. Por suerte, hay otras herramientas que pueden ocuparse de esos archivos de copia de seguridad: puedes restaurar aplicaciones individuales con Copia de seguridad en titanio e incluso leer archivos individuales de ellos (ver: ¿Cómo puedo ver/montar el archivo nandroid en el dispositivo? ).
• Copia de seguridad en titanio cubre casi todo a nivel de aplicaciones y ajustes, y puede leer desde archivos de copia de seguridad de Nandroid - pero no puede crear una copia de seguridad completa de Nandroid. Además, la restauración entre diferentes ROMs puede ser un poco difícil (pero eso se aplica a todas las soluciones), al menos cuando se trata de archivos de sistema. Aun así, hace un buen trabajo incluso cuando utiliza su "modo de migración"
• La copia de seguridad ADB es una buena cosa, pero sólo está disponible con Android 4.0 en adelante y también está restringida a "aplicaciones y ajustes". Además, requiere un ordenador al que conectar el dispositivo para realizar la copia de seguridad/restauración. Esto último puede evitarse utilizando aplicaciones como Helium - Sincronización y copia de seguridad de aplicaciones que se ejecutan directamente en el dispositivo y utilizan ADB como backend.

Encontré que la mejor solución en dispositivos rooteados es una combinación de Nandroid (ofrecido, por ejemplo, por ClockworkMod Recovery) y Titanium. Para los dispositivos no rooteados, las opciones son escasas: ninguno de los dos está disponible allí, lo que deja al usuario con la copia de seguridad ADB como la única solución medio completa.