¿Qué obtengo si instalo una ROM personalizada en lugar de instalar un nuevo launcher, una nueva aplicación para el teléfono, ...?

Dos grandes contras de simplemente usar un lanzador diferente Vs. una ROM completamente nueva:

1. Las ROMs personalizadas suelen ofrecer una versión de Android posterior a la disponible para tu dispositivo por parte de un fabricante u operador. Ningún lanzador te dará la funcionalidad más reciente de las últimas versiones del sistema operativo.
2. Muy a menudo eliminar el "bloat" del fabricante/operador no es tan fácil como borrar algunos APKs del directorio /system/app. En los casos de interfaces personalizadas como TouchWiz de Samsung, o BLUR de Motorola, o Sense de HTC, muchas de sus aplicaciones que sustituyen a las funciones básicas de stock (por ejemplo, Teléfono/Discado, Contactos, etc.) están entrelazadas con el sistema y entre sí de tal manera que la simple eliminación de las mismas puede causar caídas u otras inestabilidades del sistema. La instalación de sustitutos de terceros no resuelve nada, ya que estas aplicaciones siempre se ejecutan en segundo plano, consumiendo valiosos recursos.

He notado en varias ROMs algunas características que nunca he visto implementadas en las aplicaciones (no con tanta fluidez). Algunos ejemplos concretos:

• Sistemas Whisper tiene una ROM que implementa "permisos selectivos", que suministran a las aplicaciones "bloqueadas" datos ficticios si un permiso es denegado. También cuenta con "Encriptación de disco completo para tu teléfono" que encripta toda la partición del dispositivo.
• CyanogenMod también tiene algo así implementado en el núcleo, pero una aplicación puede hacer casi lo mismo.
• He visto MODs que añaden opciones al menú que muestra cuando se pulsa el botón de encendido (reiniciar, reiniciar en recovery, transferencia de datos, ...). Esto, supongo, no se puede hacer con una aplicación.
• Mejor soporte de overclocking, aunque se puede hacer con una aplicación pero no es compatible con todos los dispositivos después de todo...
• La animación de arranque se suele cambiar/eliminar con las ROMs personalizadas.
• Barra de notificaciones personalizada (transparente o no, más o menos opciones, diferentes iconos cerca del reloj, ...) y UI (diálogos por ejemplo y otros elementos de formulario, etc.)
• Pantallas de desbloqueo personalizadas, animaciones de encendido y apagado de la pantalla, ...

Esto es lo que he visto hasta ahora.

EDITAR Para mi sorpresa, como señaló @SachinShekhar en los comentarios, TODOS esto se puede conseguir con aplicaciones, así que no tengáis en cuenta esta respuesta, la dejo para futuras referencias, por si alguien resulta no saber de todo esto... (como yo)