Para la primera pregunta (y la 3ª si te estoy entendiendo bien), ya que presumiblemente estás rooteado, un método sencillo para echar un vistazo a las cosas sería instalar busybox (si no lo has hecho ya) y un emulador de terminal y usar la utilidad du.
Por ejemplo, si quiero ver cuánto espacio ocupan los datos propios de cada aplicación, utilizaría du -d 1 -h /data/data
que me da el contenido de /data/data (donde se almacenan todos los datos de las aplicaciones) a 1 nivel de profundidad (sólo los directorios directamente debajo de /data/data, que se llaman igual que los nombres de los paquetes de las aplicaciones) y me da los tamaños en formato legible (kilobytes, megabytes, etc.). Esto te dirá exactamente cuántos datos almacena cada aplicación de tu dispositivo. Puedes apuntar a donde quieras. Para la 3ª pregunta, basta con apuntar a donde Link2SD monta su almacenamiento.
Para el almacenamiento persistente, basta con mirar en /data/app, que es donde se almacenan los propios apks.
Para más información sobre el uso de du, consulte la página manual busybox .